Se trata de la puerta principal de acceso al templo, adornada con arquivoltas apuntadas con finos boceles y escocias. Los soportes son tres parejas de columnas y las jambas interiores están encapiteladas con crochets.

La denominada Puerta del Perdón estuvo tapiada hasta las intervenciones arqueológicas de los años 80 y se encuentra a pocos metros de la principal.

De manufactura y aspecto plenamente románicos, consta de arquivoltas de medio punto sobre parejas de columnas. Los capiteles son mayoritariamente vegetales, pero hay uno muy interesante que representa una arpía.

La nave del Evangelio presenta un suelo acristalado que conservan los restos localizados en la excavaciones arqueológicas desarrolladas entre 1982 y 1983 bajo la dirección de Joaquín González Echegaray y José Luis Casado Soto, que permitieron documentar un asentamiento continuado del Cerro de Somorrostro, desde el siglo I a.C.

Entre otros, se pueden observar los restos de una ocupación romana, origen del primer asentamiento en la zona, y los cimientos de unas instalaciones termales, posiblemente de carácter público, así como los ladrillos circulares que soportaban el techo del hipocausto, el horno o las conducciones de mortero por donde se distribuía el agua caliente.

Debajo de la capilla de la nave, en el ábside, puede verse una calle de tres metros de anchura y los cimientos de una fortificación de orígen romano, probablemente levantada para protegerse de las incursiones bárbaras del siglo IV.

En el año 1791, el Papa Pío VI declaró a San Emeterio y San Celedonio como patronos de la Diócesis de Santander a petición del Obispo Don Rafael Tomás Menéndez de Luarca, consagrando el 30 de agosto como su día. La devoción a los Santos Mártires, antes de esa fecha, traspasaba el ámbito de la ciudad de Santander y tiene sus orígenes varios siglos atrás.

Con motivo del repliegue cristiano al norte, tras la entrada de los musulmanes a la Península en el año 711, las cabezas de los mártires Emeterio y Celedonio, soldados romanos martirizados en el año 299 en Calahorra, fueron trasladadas hasta este lugar y enterradas en lo que fuera un horno de las primitivas termas romanas. Su veneración y culto dio lugar a la construcción de una tumba martirial y posteriormente, a un santuario para recibir y enterrar a los fieles y peregrinos.

En 1536, ante el avance del protestantismo, se realizó la ‘profanación piadosa’ de la tumba original, a fin de recuperar las cabezas para darlas culto. Estas fueron encerradas en sendos relicarios de plata, fabricados en Burgos en 1533 por un artista anónimo y trasladados por los comerciantes del Consulado de aquella ciudad. En la actualidad, se exponen junto con otras dos reliquias, el brazo de San Germán y un fragmento del Lignum Crucis. Las reliquias de los mártires se sacan en procesión hasta el altar de la iglesia superior en la festividad del 30 de agosto.

La nave central es de planta cuadrangular y está presidida por un Cristo crucificado anónimo en madera policromada, asignable a uno de los más destacados imagineros de la escuela castellana de la segunda mitad del siglo XVIII. este Cristo da nombre al templo,

La lámpara encendida nos indica que el Santísimo está presente, en el Sagrario. Es un lugar de adoración y oración silenciosa a Jesucristo.

En el altar mayor se conserva un singular elemento compuesto por un arco germinado a modo de ventana con arcos trebolados que alberga en su interior una pileta. Se trata de una «Piscina Litúrgica», recipiente o cubeta, destinada a realizar abluciones o lavatorios.

Esta nave es de planta rectangular y recibe el nombre por estar presidido su altar por una Virgen de la Piedad de piedra policromada, realizada en 1939 por Antonio Vaquero, a imitación de la original barroca de Gregorio Fernández que compuso para la iglesia de San Martín de Valladolid. El mismo fue aprobado por el cabildo de la catedral como monumento conmemorativo a los 156 hombres asesinados durante la Guera Civil, en el barco prisión Alfonso Pérez, en la bahía de Santander.

En el mismo altar se encuentran grabados los nombres de todos ellos y cuyos restos reposan bajo el suelo de esta nave sur. Tres de aquellos mártires han sido ya beatificados, un laico, el joven estudiante José María Corbín, de 22 años, un hermano escolapio, Alfredo (de la Virgen) Parte Saiz, sacerdote en Villacarriedo, y otro capuchino, Alejo Pan López-Mateos (padre Ambrosio de Santibáñez).

Junto a La Piedad de la nave de la Epístola, en el muro sur se encuentran dos relieves que fueron parte de un antiguo retablo del siglo XVII, con las escenas del Descendimiento y del Santo Entierro. Son de factura popular  y se atribuyen a un taller de la localidad de Camargo, en Cantabria.

En la nave de La Piedad se expone la vidriera de la Santísima Trinidad. Se desconoce la fecha y el autor de esta pieza. Fue restaurada por el maestro vidriero Tomás Sainz Castillo  en 2020.

Arriba, la paloma que simboliza el Espíritu Santo; debajo, a la izquierda, la imagen del Padre con las letras griegas ALPHA y OMEGA (principio y fin) y, a la derecha, el Hijo con sus iniciales IC-XC. Estas letras corresponden al nombre de Jesús en griego, IESOUS XRISTOS.

Debajo leemos el texto, «LAUDATO SI MI SIGNORE CUM TUCTELE TUE CREATURE» (Alabado seas mi Señor con todas las criaturas), tomado del Cántico de las criaturas de San Francisco de Asís.

A los pies de la nave de la Epístola, y justo de frente al acceder al templo encontramos el actual retablo. Fue construido en 1951 para contener el icono de la Virgen del Perpetuo Socorro, pintado por Ernesto Heine. Completa el conjunto un altar con un bello frontal en plata.

Desde septiembre de 2011 la parroquia del Santísimo Cristo es sede de la Hermandad de la Virgen Nuestra Señora de Rocío, de gran devoción popular en Santander. Junto a la imagen de La Virgen se muestra el estandarte «Sin Pecado» de Pilar Martínez.

El actual órgano de la parroquia del Cristo fue construido en 1796 por el maestro organero Johannes Adolph Ibach, de orígen alemán, constructor afamado de otros muchos españoles, como los que se utilizaban en la catedral de Bilbao, la de Valencia o en Santiago de Compostela.

Se le conoce como «el Hijo» en alusión al gran órgano de la Catedral que recibe el sobrenombre de «el Padre» y al otro órgano, de menor tamaño, que se ubica en la capilla del Santísimo, también en la Iglesia Alta, llamado el del «Espíritu Santo».